Struttura
AEGEE è dotata di una struttura del tutto peculiare, infatti non prevede alcun livello nazionale di organizzazione. Essa opera su due livelli:
Il livello locale è composto dalle antenne che formano la base principale del network e tengono i contatti con gli studenti. Le antenne organizzano eventi ai quali spesso sono invitati i soci provenienti da tutta Europa. Alle attività di carattere più impegnativo se ne accompagnano altre ricreative e di svago come feste, escursioni... che danno agli studenti la possibilità di sperimentare l'ineguagliabile atmosfera AEGEE . Le sedi locali sono indipendenti nella realizzazione delle attività, purché queste si ispirino ai principi informatori di AEGEE . Il livello europeo è composto dall'Agora, dal Comitè Directeur, dalle Commissioni e dal Planning Meeting.


Antenna
Antenna è il nome di una sede locale di AEGEE. Un’antenna organizza di solito almeno un evento europeo all’anno così come delle attività a livello locale. Attualmente ci sono più di 250 antenne e contatti in AEGEE, da Mosca a Londra, da Istanbul a Stoccolma.


Agorà
L’Agorà, l’assemblea plenaria di AEGEE, si tiene 2 volte l’anno. Fino a 600 soci AEGEE si incontrano per 3 giorni per discutere proposte e progetti, prendere le decisioni e stabilire le linee guida di AEGEE.
Costituisce il corpo legislativo costituito dai delegati delle Antenne, fissa le direttive principali per l'azione del Network ed elegge il Comitè Directeur e le Commissioni.




President Meeting
I delegati dei boards locali si incontrano per discutere i progetti in corso di AEGEE. E’ anche un incontro preparatorio per l’Agorà e si tiene 2 volte l’anno, a Marzo ed a Settembre.




Comité Directeur
Il Comité Directeur, l’organo direttivo, è composto da un massimo di 9 persone provenienti da almeno 4 differenti nazioni. Ogni membro del CD ha la sua area di responsabilità. Nel complesso, il CD è l’organo amministrativo e di rappresentanza di AEGEE, che ha il compito di tenere i contatti con l’Unione Europea ed il Consiglio d’Europa.




Working Groups
I Working Groups sono la struttura tematica di AEGEE. Ci sono gruppi internazionali di soci AEGEE che organizzano eventi relativi ad un particolare tema, come l’educazione, la politica educativa, le minoranze in Europa ed i problemi ambientali.




Commissioni
Le Commissioni sono organi di supporto o di controllo del CD. Queste sono l’Audit commission, la Members Commission, la Juridical Commission e la Network Commission.




Project Teams
I Project Teams coordinano il lavoro dei progetti di respiro Europeo di AEGEE. Questi progetti consistono in una serie di conferenze ed altre attività relative ad un determinato tema. I team sono composti da soci di differenti sedi locali.




AEGEE, inoltre, per provvedere alla necessaria formazione e collaborazione dei propri soci prevede altre attività: Le European School e i Regional Meeting.
Le European School sono dei corsi di formazione per futuri responsabili AEGEE. Le scuole sono un'occasione di sintesi e scambio di esperienze precedenti e di sviluppo di nuove idee da realizzare nel futuro.
I Regional Meeting riuniscono membri delle antenne di una stessa area e hanno lo scopo di rafforzare la cooperazione fra le antenne e di aiutare le nuove a sviluppare nuove attività.